Jest to jeden z najpiękniejszych obiektów historyczno-kulturowych XIX wieku, charakteryzujący się stylem klasycystycznym. Już od ponad 200 lat jest miejscem spoczynku wielu przedstawicieli kultury i nauki oraz działaczy społecznych. Datę jego powstania poświadcza wzniesiona kaplica w stylu klasycystycznym. Na tablicy pamiątkowej widnieje napis w języku polskim informujący, że cmentarz należy do kościoła ojców bernardynów oraz o dacie pierwszej odprawionej w tym miejscu mszy.
Mieści się on w czołówce najstarszych nekropolii wileńskich (zaraz po Cmentarzu na Rossie). Założony został w 1810 roku na Zarzeczu, pomiędzy ulicami Polocko i Žvirgždyno, na prawym brzegu rzeki Wilenki.
W 1812 roku cmentarz otoczono murem kamiennym, wzniesiono bramę wraz z dzwonnicą oraz wartownię. W 1814 roku cmentarz stał się cmentarzem parafialnym kościoła Bernardynów. Wzniesiono kolumbaria, w niszach umieszczano i zamurowywano trumny.
W 1827 roku zbudowano kaplicę, a w jej podziemiach urządzono kryptę z katakumbami. W XIX wieku cmentarz przypominał park. Drzewa, krzewy, brukowana główna ścieżka i ścieżki z widokiem na rzekę przyciągały mieszczan, a inskrypcje nagrobne zachęcały do chwili refleksji i modlitwy.
W 1969 roku Cmentarz Bernardyński (podobnie jak Cmentarz na Rossie) uznano za zespół zabytkowy chroniony prawem. Od 1967 roku nie organizuje się tutaj pochówków, z wyjątkiem szczególnych pochówków rodzinnych.