Dominikonų ordino vienuoliai Lietuvoje apsistojo dar Gedimino laikais, tad medinė bažnytėlė šioje vietoje glaudėsi jau 1321 m., o mūrinė Šv. Dvasios bažnyčia buvo pradėta statyti 1408 m. Tai viena puošniausių Vilniaus bažnyčių, kur akį traukia įstabi rokokinė puošyba, šešiolika altorių, įspūdingi XVIII a. Adamo Gotlobo Kasparinio sukurti vargonai ir 45 paminklais laikomi paveikslai. Nuo 1986 m. iki 2005 m. čia buvo gerbiamas Dievo Gailestingumo paveikslas. Įstabi bažnyčios istorija saugo daugybę paslapčių ne tik viduje, bet ir ansamblio požemiuose – čia ilsisi daugybė miestiečių, karų ir epidemijų aukos.

Šv. Dvasios bažnyčioje pamaldos vyksta lenkų kalba, bet čia laukiami visi piligrimai, norintys pajusti šešių šimtų metų dvasingumo aurą. 1993 m. rugsėjo 5 d. bažnyčioje lankėsi popiežius Jonas Paulius II. Dešinėje bažnyčios navoje įrengtas šv. Jono Pauliaus II altorius, kuriame įkomponuotas ir relikvijorius su šio popiežiaus kraujo relikvija.