Монахи ордена доминиканцев обосновались в Литве еще во времена Гедиминаса, поэтому уже в 1321 г. на этом месте стоял небольшой деревянный костел, а строительство каменного костела Святого Духа был начато в 1408 г. Этот костел – один из самых красивых костелов Вильнюса: элементы декора в стиле рококо, шестнадцать алтарей, великолепный орган XVIII в., созданный мастером Адамом Готлибом Каспарини, и 45 картин, признанных памятниками искусства. С 1986 по 2005 г. в этом костеле находился особо почитаемый верующими образ Милосердия Божия. Поразительная история костела хранит множество тайн как в самом здании, так и в подземельях храмового ансамбля – здесь нашли покой многие жители города, жертвы войн и эпидемий.

Службы в костеле Святого Духа проходят на польском языке, но он открыт для всех паломников, желающих проникнуться шестивековой атмосферой духовности. 5 сентября 1993 г. костел посетил Папа Иоанн Павел II. В правом нефе расположен алтарь св. Иоанна Павла II, в который также помещен реликварий, с хранящейся в нем реликвией крови этого папы.