Первое здание этого костёла в районе Лукишкес было заложено 1 мая 1642 г., в День памяти святых апостолов Филиппа и Иакова. Здесь рядом с центральным алтарем на специально оборудованном алтаре хранится деревянная чудотворная икона Лукишкской Божьей Матери. В 1844 г. доминиканцы были вынуждены покинуть это место, а в советский период костёл предполагалось снести, но его все же удалось сохранить, хотя и в весьма запущенном виде. В 1992 г. костёл был возвращен верующим, и уже через год в монастыре снова поселились монахи-доминиканцы. Здесь действует Центр Генерального викариата ордена доминиканцев Беларуси, Эстонии, Латвии и Литвы.

Вильнюсский карильон

В костёле Св. апостолов Филиппа и Иакова установлен крупнейший в Балтийских странах карильон из 61 колокола. Самый маленький из колоколов весит 8 кг, а самый большой – 3 360 кг. Башня костёла идеально подходит для этого инструмента. Литье колоколов и монтаж карильона были выполнены в 2015 г. знаменитой колокололитейной мастерской Royal Eijsbouts (Королевство Нидерландов), хранящей древние традиции изготовления колоколов. Звон колоколов сопровождает не только религиозные праздники, но и государственные мероприятия, важные исторические события. Карильон позволяет исполнять самую разнообразную музыку – от простых народных песен до сложных классических, современных и религиозных произведений, требующих виртуозного исполнения.