Pirmoji bažnyčia Lukiškėse funduota 1642 m., Šv. apaštalų Pilypo ir Jokūbo dieną – gegužės 1-ąją. Specialiai įrengtame altoriuje šalia centrinio altoriaus gerbiamas stebuklais pagarsėjęs, ant medžio tapytas Lukiškių Dievo Motinos paveikslas. 1844 m. dominikonai buvo iškeldinti, sovietmečiu bažnyčią buvo planuojama griauti, bet, nors ir apleistą, ją pavyko išsaugoti. 1992 m. ją grąžinus tikintiesiems, po metų vienuolyne apsigyveno atsikūrę dominikonai. Čia įsteigtas Baltarusijos, Estijos, Latvijos ir Lietuvos dominikonų generalinio vikariato centras.

Vilniaus kariljonas

Šv. apaštalų Pilypo ir Jokūbo bažnyčioje yra didžiausias Baltijos šalyse kariljonas, kurį sudaro net 61 varpas, mažiausio jų svoris – 8 kg, didžiausio – 3 360 kg. Bažnyčios bokštas idealiai tinka šiam instrumentui. Varpus išliejo ir 2015 m. kariljoną įrengė garsi Asteno (Nyderlandų Karalystė) varpų liejykla „Royal Eijsbouts“, puoselėjanti senas varpų liejimo tradicijas. Varpų skambėjimas lydi ne tik religines šventes, bet ir valstybinius minėjimus, svarbius istorinius įvykius. Kariljonu skambinama labai įvairi muzika – nuo paprastų liaudies dainų iki sudėtingų klasikinių, šiuolaikinių, virtuozinių, religinių kūrinių.